ಇಂದಿನ ಲಕ್ಷದ್ವೀಪದ ದ್ವೀಪಗಳನ್ನು ಒಬ್ಬ ಗ್ರೀಕ್ ನಾವಿಕನು ಕ್ರಿ.ಶ 1 ನೇ ಶತಮಾನದಲ್ಲಿ ಆಮೆ ಚಿಪ್ಪಿನ ಮೂಲವೆಂದು ಉಲ್ಲೇಖಿಸಿದ್ದಾನೆ. 7 ನೇ ಶತಮಾನದಲ್ಲಿ ಮುಸ್ಲಿಂ ಮಿಷನರಿ ಚಟುವಟಿಕೆ ಮತ್ತು ಅರಬ್ ವ್ಯಾಪಾರಿಗಳೊಂದಿಗೆ ನಿರಂತರ ಸಂಪರ್ಕದಿಂದಾಗಿ ಎಲ್ಲಾ ದ್ವೀಪವಾಸಿಗಳನ್ನು ಇಸ್ಲಾಂಗೆ ಪರಿವರ್ತಿಸಲಾಯಿತು. 1100 ಕ್ಕಿಂತ ಮೊದಲು ಮಲಬಾರ್ ಕರಾವಳಿಯ ಒಂದು ಸಣ್ಣ ಹಿಂದೂ ಸಾಮ್ರಾಜ್ಯವು ದ್ವೀಪಗಳನ್ನು ಸ್ವಾಧೀನಪಡಿಸಿಕೊಂಡಿತು, ಮತ್ತು 1102 ರಲ್ಲಿ ಕೇರಳದ ಕುಲಶೇಖರ ರಾಜವಂಶದ ಪತನದ ನಂತರ ಅವರು ಮತ್ತೊಂದು ಸಣ್ಣ ಹಿಂದೂ ರಾಜವಂಶದ ಕೋಲತಿರಿಗಳಿಗೆ ವರ್ಗಾಯಿಸಿದರು. ನಂತರ 12 ನೇ ಶತಮಾನದಲ್ಲಿ, ಕೋಲತಿರಿ ರಾಜಕುಮಾರಿಯೊಬ್ಬ ಮತಾಂತರಗೊಂಡ ಮುಸ್ಲಿಮನನ್ನು ಮದುವೆಯಾದ ನಂತರ, ಕೇರಳದ ಕಣ್ಣೂರು ಪ್ರದೇಶದಲ್ಲಿ ಪ್ರತ್ಯೇಕ ಸಾಮ್ರಾಜ್ಯವನ್ನು (ಅಂತಿಮವಾಗಿ ಲಕ್ಷದ್ವೀಪವಾಗಿ ರೂಪುಗೊಂಡ ದ್ವೀಪಗಳು ಸೇರಿದಂತೆ) ಕೇರಳದ ಮಾತೃಪ್ರಧಾನ ಸಂಪ್ರದಾಯವನ್ನು ರಕ್ಷಿಸುವ ಸಲುವಾಗಿ ಸ್ಥಾಪಿಸಲಾಯಿತು.
ದ್ವೀಪಗಳಿಗೆ ಭೇಟಿ ನೀಡಿದ ಮೊದಲ ಯುರೋಪಿಯನ್ ಇಟಾಲಿಯನ್ ಯಾತ್ರಿ ಮಾರ್ಕೊ ಪೊಲೊ ಆಗಿರಬಹುದು. ಅವರ 13 ನೇ ಶತಮಾನದ ಪ್ರವಾಸ ಕಥನಗಳಲ್ಲಿ ಉಲ್ಲೇಖಿಸಲಾದ “ಸ್ತ್ರೀ ದ್ವೀಪ” ನಿಜಕ್ಕೂ ಮಿನಿಕೋಯ್ ದ್ವೀಪವಾಗಿದ್ದಿರಬಹುದು. 1498 ರಲ್ಲಿ ಪೋರ್ಚುಗೀಸರು ಈ ದ್ವೀಪಗಳಿಗೆ ಬಂದರು. ತರುವಾಯ ಅವರು ಕಾಯಿರ್ ವ್ಯಾಪಾರವನ್ನು ನಿಯಂತ್ರಿಸಲು ಒಂದು ಕೋಟೆಯನ್ನು ನಿರ್ಮಿಸಿದರು. ಅವರ ವಿರುದ್ಧ ದ್ವೀಪಗಳ ನಿವಾಸಿಗಳು 1545 ರಲ್ಲಿ ದಂಗೆಯನ್ನು ನಡೆಸಿ ಓಡಿಸಿದರು.
1780 ರ ದಶಕದಲ್ಲಿ ಉತ್ತರದ ಗುಂಪಿನ ದ್ವೀಪಗಳ ಕೇಂದ್ರವಾದ ಅಮಿಂದಿವಿಗಳು ಮೈಸೂರಿನ ಸುಲ್ತಾನನ ಟಿಪ್ಪು ಸುಲ್ತಾನನಿಗೆ ಹಾದುಹೋಗುವವರೆಗೂ ಸತತವಾಗಿ ಬೀಬಿಗಳು (ಮಹಿಳಾ ಆಡಳಿತಗಾರರು) ಮತ್ತು ಅವರ ಗಂಡಂದಿರು ದ್ವೀಪಗಳನ್ನು ಆಳಿದರು. 1799 ರಲ್ಲಿ ಬ್ರಿಟಿಷರೊಂದಿಗಿನ ಯುದ್ಧದಲ್ಲಿ ಟಿಪ್ಪು ಕೊಲ್ಲಲ್ಪಟ್ಟಾಗ, ಅಮಿಂದಿವಿಗಳು ಬ್ರಿಟಿಷ್ ನಿಯಂತ್ರಣಕ್ಕೆ ಬಂದವು. ಬೀಬಿ ಮತ್ತು ಅವಳ ಪತಿಗೆ ಇತರ ದ್ವೀಪಗಳನ್ನು ಉಳಿಸಿಕೊಳ್ಳಲು ಮತ್ತು ಬ್ರಿಟಿಷರಿಗೆ ವಾರ್ಷಿಕ ಪಾವತಿಗೆ ಬದಲಾಗಿ ಅವರಿಂದ ಆದಾಯವನ್ನು ಪಡೆಯಲು ಅನುಮತಿ ನೀಡಲಾಯಿತು. ಈ ಪಾವತಿಗಳು ಪದೇ ಪದೇ ಬಾಕಿ ಇದ್ದವು, ಮತ್ತು 1908 ರಲ್ಲಿ ಬೀಬಿ ಈ ದ್ವೀಪಗಳನ್ನು ಬ್ರಿಟಿಷರ ನೇರ ಆಡಳಿತಕ್ಕೆ ಬಿಟ್ಟುಕೊಟ್ಟಳು. 1947 ರಲ್ಲಿ ಭಾರತೀಯ ಸ್ವಾತಂತ್ರ್ಯದ ನಂತರ ಸಾರ್ವಭೌಮತ್ವವನ್ನು ಭಾರತಕ್ಕೆ ವರ್ಗಾಯಿಸಲಾಯಿತು, ಮತ್ತು ದ್ವೀಪಗಳನ್ನು 1956 ರಲ್ಲಿ ಯೂನಿಯನ್ ಪ್ರದೇಶವಾಗಿ ರಚಿಸಲಾಯಿತು.